Научные исследования ИВПиГЭ направлены на то, чтобы республика получала ощутимые экономические выгоды от использования собственного водного и гидроэнергетического потенциалов.
Для этого итоговые результаты оформляются в виде конкретных документов для передачи в правительство и заинтересованные ведомства с целью их внедрения.

• Разработка научных основ и практических рекомендаций по рациональному использованию, охране водных и гидроэнергетических ресурсов внутренних и трансграничных речных бассейнов, оптимизация режимов эксплуатации комплексных водохозяйственных систем.
• Мониторинг прорывоопасности высокогорных и селеопасных озер.
• Эколого-экономическое обоснование водохозяйственных мероприятий и масштабное использование гидроэнергетического потенциала по строительству ГЭС с целью получения экономической выгоды и обретения энергетического суверенитета и водно-энергетической самостоятельности КР.
• Создание систем информационного обеспечения для управления водными и земельными ресурсами.
• Изучение региональных закономерностей формирования, режима, распределения, взаимосвязи, охраны поверхностных и подземных вод, их оценка и взаимодействие
• Гляциология, биогеография, береговые процессы, экология высокогорья
• Разработка научных основ мониторинга водных и гидроэнергетических ресурсов основных речных бассейнов Северного Кыргызстана и Нарынского бассейна с учетом изменения климата.